腦立體定位儀經過搬動或長期不用后，使用前需先加以校驗。重點是檢驗電極移動架各滑尺是否保持直角，可用三角板測定各滑尺所成的角度是否是直角；各銜接部與螺絲有沒有松動；滑尺是否太松；檢查主框兩臂的平行情況；*后觀察固定頭的裝置兩側對稱程度，小框是否與主框平行。檢查腦立體定位儀無故障后，可進行下列校驗性操作： （1）將兩側耳桿柱旋松，在主框上前后滑動，然后再按照原規定刻度裝好，看兩側耳桿尖是否完全對正。
（2）取下一側耳桿，將一側電極移動架裝好，前后左右上下移動各滑尺，使裝在電極夾上的金屬定位針尖正對耳桿尖的中心，記下各滑尺的刻度讀數，再卸下移動架再裝上，并按上法測定耳桿尖的部位，記下三個滑尺的讀數，反復操作取平均數首先將放置水平的腦立體定位儀上的兩個滑道，按實驗的要求調節好合適的高度后。
（3）然后再用水平尺調正好兩個滑道的前后、左右水平。這時再把安置在滑道上的手動微推進器按上面的刻度調節垂直。
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